La forma más sencilla de asegurarse de que está utilizando Javascript puro sería asegurarse de no incluir ningún otro script en su página web.
Solo cree una etiqueta de secuencia de comandos única en su página html.
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Para empezar, debe ponerlo dentro de la etiqueta del cuerpo después de todos los demás elementos de la página. Más tarde, puede capturar el evento de carga de la página si lo prefiere y luego el script podría ir a cualquier parte. Por ahora, ponerlo al final de la página debe asegurarse de que todos los demás elementos DOM se hayan cargado primero.
Una vez que tenga esto, comience a ver lo que puede hacer con la manipulación pura del DOM. MDN (Mozilla Developer Network) tiene mucha buena información, y W3 Schools no es un lugar horrible para comenzar. Comenzaría mirando la documentación y los métodos del “documento” como queryAll y getElementById que lo ayudarán a comenzar.
Mientras no use ninguna etiqueta de script con un atributo src, puede estar bastante seguro de que todo lo que está haciendo es javascript puro (junto con los ganchos del navegador que le permiten manipular el DOM, que técnicamente no forma parte de Javascript, pero son características clave para javascript que se ejecutan dentro de un navegador).
Dicho esto, puede ver el código fuente de muchas de las bibliotecas como jquery, lodash y otras para darle ideas de cosas que puede hacer con javascript, y encontrará un gran beneficio al usar estas bibliotecas junto con su código.
Puede encontrar muchos beneficios al usar sitios como Plunker, JS Bin, CSSDeck o jsFiddle para ayudarlo con esto, solo asegúrese de no hacer referencia a ninguna biblioteca como jquery o angular o cualquier otra cosa mientras intenta enfocar su aprendizaje en Javascript puro.
espero que esto ayude