Sandboxing se utiliza para crear un entorno de ejecución seguro para aplicaciones en las que no se puede confiar. Los recursos y el nivel de acceso proporcionado a dichas aplicaciones están estrictamente controlados. Cualquier cambio realizado por estas aplicaciones no es permanente y debe ser aprobado por el usuario.
Puede tener muchas aplicaciones dependiendo del tipo de usuario. Los expertos en seguridad lo usan para probar malware y sus efectos en el sistema. Los desarrolladores lo usan para probar su código antes de que se pueda permitir que se ejecute normalmente para buscar cualquier anomalía. Como Yatharth mencionó en su respuesta, puede usarlo para ejecutar aplicaciones descargadas de fuentes poco confiables de forma segura.
Sandboxing, en esencia, es virtualización. Una máquina virtual es una versión de espacio aislado del sistema operativo. No puede ejecutarse de forma nativa en el sistema, pero tiene que funcionar a través de un emulador.
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Una búsqueda rápida en Google muestra que Sandboxie es un software que se utiliza para lograr sandboxing en el sistema del usuario. Si tuvo que enfrentar problemas en el pasado debido a que una aplicación modificó el contenido en su disco duro, o estropeó sus entradas de registro, puede intentarlo. No lo he probado personalmente porque no sentía la necesidad de hacerlo.
