¿Cómo sabe el software cuándo está ejecutando la configuración inicial?

Depende de la plataforma. Mire Android, por ejemplo (referencia: Determine si la aplicación de Android es la primera vez que se usa)

Cuando se inicia la aplicación, depende del ingeniero verificar si la aplicación se está ejecutando o no por primera vez (¿le importa si la aplicación se está ejecutando por primera vez si es una calculadora? Lo más probable es que no).

En Android, obtiene el objeto SharedPreferences y verifica si existe o no alguna clave: el valor existe a través de settings.getBoolean (key, defaultValue). Si no lo hace, y se devuelve el valor predeterminado, inicializamos nuestro software como deberíamos por primera vez, ¿tal vez desea que el usuario inicie sesión?

TL; DR depende del ingeniero encontrar una manera de verificar si su aplicación se está ejecutando por primera vez, y luego hacer la inicialización necesaria + la configuración del indicador.