Como regla, cualquier persona mayor de 25 años dirá que Java puede hacer cualquier cosa, cualquier persona más joven dirá que Javascript puede hacer cualquier cosa. Y ambos tienen razón.
Lo que realmente importa es ¿cómo quieres programar? ¿Cómo piensas sobre el código? ¿Qué estilo de codificación va a ser la construcción y el mantenimiento más efectivos?
Si está muy estrictamente orientado a objetos y se siente cómodo con las fábricas y los singletons, Java podría ser el camino a seguir.
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Si te gusta más el código imperativo y funcional, un código que hace lo que dice que hace (y nada más), Javascript será tu atasco.
En cuanto a las desventajas, si aún no lo sabe, no se preocupe. La velocidad del código del mundo real (no del tipo que te enseñan en la universidad) es MUY complicada, así que a menos que estés diseñando un nuevo tipo de compilador JIT, no te preocupes por la velocidad al elegir un idioma.
