Yo personalmente uso SQL Server en el trabajo. Tiene un sistema de gestión de clase mundial llamado SQL Server Management Studio. El software mencionado es gratuito, SQL Server no lo es. Sin embargo, puede descargar y usar la edición express libremente, con la cual SSMS interactúa muy bien.
Otra opción (totalmente gratuita) sería utilizar MySQL Workbench, junto con MySQL como base de datos. MySQL Workbench es para MySQL como SQL Server Management Studio es para MySQL.
Los dos ejemplos anteriores se ajustan perfectamente a lo que denominamos Sistema de gestión de bases de datos relacionales (RDBMS). Es más que una simple base de datos, ya que mediante el uso del software de administración, obtienes muchas opciones geniales para administrar e interactuar con la base de datos. Por otro lado, tiene algo como SQLite, que es simplemente una base de datos (aunque pequeña y muy útil para la creación de prototipos) con opciones mucho menos bonitas para interactuar. La última vez que lo revisé, solo ofrecía una interfaz de línea de comandos para trabajar con él.
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