Es una gran pregunta y respuesta como de costumbre, depende. Y seguro que es una mala respuesta, pero esta es una naturaleza de la programación, necesitamos tomar decisiones basadas en muchos factores externos.
Si está en la etapa inicial para el inicio sin un futuro claro, la API JSON REST es un buen candidato para implementar la comunicación entre el cliente y el servidor.
También puede echar un vistazo a la especificación API JSON recientemente lanzada, tiene algún tipo de implementaciones para servidor y cliente para diferentes idiomas.
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Si REST API es demasiado fácil para usted y desea algo realmente moderno y nuevo, eche un vistazo a GraphQL con muchas ventajas sobre REST JSON API, pero seguro con detalles más complicados. Github lanzó recientemente su API basada en GraphQL.
Estamos en Flatstack de manera predeterminada, utilizamos la API JSON REST y tenemos la aplicación Base Rails para las API REST.