x264. Es el mejor codificador H.264 que existe. No solo el mejor codificador FOSS H.264, el mejor codificador H.264 (superando a todos los codificadores comerciales por un amplio margen, incluso los basados en hardware en términos de relación calidad / velocidad).
Si bien su CLI es fácil de usar si tiene la transmisión sin procesar (es decir, .y4m o canalizada), generalmente es más fácil usar una interfaz como FFmpeg que también decodifica el video de entrada. Por supuesto, suponiendo que se sienta cómodo con la interfaz de línea de comandos.
Además, ¿cuál es la definición del video de entrada? Por lo general, 1200 kbps puede obtener una calidad bastante buena con 720p (1280 × 720 progresivo, <30 fps), pero no lo suficiente para 1080p.
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MP4 y F4V son básicamente el mismo formato de todos modos. Ver la respuesta de Denis Bulichenko a ¿Cuál es la diferencia entre flv, f4v y mp4?
