Si PhoneGap está construido sobre Apache Cordova, ¿cuál es la diferencia entre los dos?

Tanto Apache cordova como Phonegap son el marco para el desarrollo de aplicaciones móviles.
Apache Cordova es una plataforma para construir aplicaciones móviles nativas usando HTML, CSS y JavaScript.

PhoneGap es una plataforma de aplicaciones HTML5 que le permite crear aplicaciones nativas con tecnologías web y obtener acceso a API y tiendas de aplicaciones. PhoneGap es una distribución de Apache Cordova. Puede pensar en los desarrolladores de Apache Cordova como el motor que alimenta PhoneGap, de forma similar a cómo WebKit es el motor que alimenta Chrome o Safari.

Después de un tiempo, la difusión de PhoneGap puede contener instrumentos adicionales que se vinculan con otras administraciones de Adobe, lo que no sería adecuado para una extensión de Apache. Por ejemplo, PhoneGap Build y Adobe Shadow juntos tienen un sentido vital. PhoneGap se mantendrá confiablemente libre, la programación de código abierto y será una dispersión gratuita de Apache Cordova. En este momento, el contraste principal es por el bien del paquete de descarga y lo seguirá siendo durante bastante tiempo.

Max Lynch lo explica bien: The Last Word on Cordova and PhoneGap

Cordova es la versión impulsada por la comunidad de PhoneGap, que es la versión productiva y el ecosistema de Adobe sobre Cordova.

Si algo se basa en otra cosa, lo primero es mejor y agrega muchas más funciones. Esa es la diferencia