Si el plan es ir a una aplicación móvil, sugeriría crear su servicio para que los datos estén 100% basados en API (incluso como una aplicación web) y, de lo contrario, solo sea una GUI en capas en la parte superior.
Dependiendo de la escala / propósito de su aplicación, la construcción de los componentes del “lado del servidor” que permiten la comunicación desde el “lado del cliente” GUI / procesador de datos con PHP funcionaría bien. Puede haber casos en los que Node.js tenga sentido y javascript sea una buena opción.
En el lado del cliente, puede comenzar con patrones simples de diseño de Javascript / HTML5 / CSS3 con AJAX para comunicarse con su API.
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Cuando se transfiere a una aplicación móvil, realmente no se puede transferir directamente a la GUI (tendría que volver a escribirse para cualquier plataforma en la que se encuentre para iOS o Android, etc.), pero la forma en que el cliente obtiene datos y los utiliza ser prácticamente igual ya que todo está controlado por API.