Depende de para qué necesita la base de datos. ¿Qué problema está tratando de resolver? ¿Ya eres un experto en un sistema de base de datos en particular? ¿Dónde lo vas a alojar? ¿Qué tipo de carga crees que obtendrás el primer día y cuánto crees que tendrás en un año?
Si necesita transacciones, tiene una necesidad real de datos relacionales y probablemente comenzará en un alojamiento compartido, entonces elegiría un RDBMS clásico como MySQL o PostgreSQL. Pueden manejar muy bien la mayoría de los tipos de aplicaciones y sus peculiaridades están bien documentadas y las soluciones alternativas se pueden buscar fácilmente en Google.
Si solo necesita documentos, es probable que lo aloje usted mismo, pueda vivir con una coherencia eventual, necesite manejar grandes cantidades de datos el primer día, esté dispuesto a vivir un poco más cerca del límite o espere tener que escalar muy rápidamente, entonces probablemente deberías mirar una de las bases de datos de estilo de documento como MongoDB, CouchDB o Riak. Si estás acostumbrado al RDBMS tradicional, hay una pequeña curva de aprendizaje, pero ofrecen cosas que simplemente no puedes hacer (fácilmente) con las opciones de la vieja escuela.
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La tercera opción es no utilizar una base de datos en absoluto. ¿Qué tan complejo es su modelo de datos? ¿Podría almacenarse como JSON en el disco o en el S3 de Amazon? Puede establecer metadatos con capacidad de consulta con S3, lo que le brindaría características básicas de base de datos con la facilidad de escribir archivos en el disco.
Si desea describir su aplicación web con más detalle, podemos ofrecerle mejores opciones, pero ese es mi árbol de decisión básico.
