¿Cuál es una buena manera de automatizar el proceso de ofuscación para bibliotecas JavaScript personalizadas?

La respuesta de Vaibhav Mallya es correcta: esto es parte de su rutina de construcción e implementación, y debe automatizarse lo antes posible. Si aún no lo ha hecho, deje de hacer lo que esté haciendo y hágalo. Le ahorrará tanto tiempo que recuperará su inversión muy rápidamente.

Además de eso, solo me gustaría señalar que la elección entre herramientas, ya sea una herramienta de automatización de compilación convencional (por ejemplo: Make, Ant y derivados), una herramienta de automatización de servidor genérica (por ejemplo: Puppet, Capistrano) o un CI (continuo herramienta de integración), depende mucho de su entorno actual (idioma y plataforma de servidor) y preferencias individuales. Me gusta Python y uso Fabric. No es una herramienta de CI, pero es muy flexible y sé cómo funciona (no puedo decir lo mismo sobre Buildout u otras herramientas). Los chicos de Ruby tienen sus herramientas, y los de Java también tienen las suyas. No significa que no pueda mezclarlos (ya he usado Capistrano en un entorno Python). Solo significa que hay muchas opciones. Ve con lo que sea mejor para ti.

La ofuscación y la minificación suelen ser parte del proceso de compilación y despliegue. Si tiene configurada una herramienta de Integración continua (algo que se considera parte de las mejores prácticas de desarrollo modernas de todos modos), puede emparejarla con cualquier biblioteca de minificación y / u ofuscación que tenga sin mucha molestia.

Jenkins es probablemente la herramienta de CI más conocida:
http://jenkins-ci.org/

JScrambler ofrece a los clientes en casi todas las tecnologías estándar disponibles, solo echa un vistazo a su github en JScrambler. Hay tragos, gruñidos, tareas de hormigas, etc. Es plug and play en la mayoría de los casos de uso, requiere una configuración mínima. Espero que ayude