Una de las dificultades que probablemente enfrentará es cómo construir la GUI, por lo que me centraré en esto primero:
C ++ le ofrece una amplia gama de bibliotecas GUI como GTK o QT. Ambos son compatibles con Linux, Windows y OSX, tenga esto en cuenta cuando pasemos a la siguiente parte.
C # le ofrece cierta diversidad con los kits de herramientas mono gui o libs como eto.
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Pasemos al siguiente tema, el soporte multiplataforma.
C ++ tiene compiladores para todo, desde tostadoras hasta mainframes y cohetes, pero configurar todos esos scripts de compilación puede ser bastante difícil.
C # (Mono) se ha portado a osx y Linux, por lo que tampoco es un problema.
Entonces, ¿qué idioma debes elegir?
Me gusta C #, es un lenguaje genial y muy útil para Windows, así que si planeas admitir principalmente Windows, elige C # (la multiplataforma es posible pero mono no es estándar en OSx (?) Y Linux)
C ++ es muy poderoso y especialmente QT podría impulsar su proyecto. Entonces, si está buscando código multiplataforma, vaya a C ++.
Como está preguntando si debe usar VS o no, probablemente esté en Windows, así que sí, debe elegir VS.