Supongo que esta pregunta se refiere a aplicaciones web basadas en Java y JavaScript que se ejecutan en el servidor. Es difícil saber por el contexto de la pregunta y, por supuesto, Java y JavaScript pueden ejecutarse tanto en el servidor como en el cliente. Comparar una aplicación de servidor con una aplicación de cliente no tiene sentido, es como comparar manzanas y carritos de golf.
En general, sospecho que las aplicaciones de servidor creadas en Java / Spring / Hibernate, etc. son más complicadas que las aplicaciones de servidor creadas en Node y JavaScript. No debería sorprender que Node supere a Java en aplicaciones del lado del servidor que realizan muchas lecturas y menos escrituras. Tampoco debería sorprendernos que Java / Spring sea más adecuado para el desarrollo a escala empresarial.
Para una API del lado del servidor, use el marco del lado del servidor que tenga más sentido: Java / Spring, Node, PHP … todos tienen sus pros y sus contras, y ninguno de ellos falla miserablemente a menos que se apliquen a una tarea para la cual No son apropiados.
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Para una aplicación web, desarrollar con servlets Java centrales y JSP fue excelente , y Spring y los otros marcos POJO solo hicieron que las aplicaciones web fueran más fáciles de mantener. Personalmente, y el kilometraje y la experiencia de otros pueden variar, odio JSF … es una monstruosidad horrible que es difícil de desarrollar y difícil de optimizar. Prefiero la biblioteca Thymeleaf, que es un reemplazo moderno de JSP. Si lo que quieres es una aplicación web del lado del servidor, Thymeleaf es una gran opción.