Claro que es seguro.
OK más seguro.
Muy bien, vamos con ‘safe-ish’.
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Cada paquete no instalado desde un repositorio se firma digitalmente para garantizar que el paquete que solicitó sea el paquete que está recibiendo del repositorio. Esto es mucho más seguro que Windows, por ejemplo, donde esencialmente está cargando software desde donde lo encuentre. Los repositorios son mucho más parecidos a algo como la tienda de Apple o Google Play, donde tienes una gran biblioteca de aplicaciones que se verifican y administran para garantizar que estén a salvo de la fuente.
Entonces, dicho esto, todavía es posible piratear el servidor de repositorio seguro, obtener acceso al agente de firma y plantar malware en lugar de software seguro. Se ha hecho antes y podría hacerse de nuevo.
Hay algunos artículos de noticias de tal evento en 2008.
Fedora, Red Hat y seguridad del distribuidor
El repositorio Kernel.org Linux arraigado en un ataque de pirateo
Incluso con la posibilidad de violaciones de seguridad, sé que la tecnología digital nunca será 100% segura, y me siento mucho más segura descargando desde depósitos seguros que instalando software para Windows que acabo de obtener de cualquier parte.
Diaclaimer: si bien hago referencia a Windows en mi respuesta, no estoy criticando a Windows. Solo estoy haciendo una comparación en un aspecto particular de los sistemas operativos donde Linux es claramente superior.