¿Codigo de maquina? ¿Te gustan las instrucciones más básicas que entiende un sistema en particular? No, no puedes, por varias razones.
Primero, sería la herramienta incorrecta para el trabajo. Ese es un nivel de abstracción mucho más bajo del que sería productivo para crear aplicaciones web. Incluso el código de nivel de SO tiende a escribirse en C y ensamblado, no en código de máquina. Las aplicaciones web se ejecutan a un nivel mucho más alto que un sistema operativo.
En segundo lugar, no sería portátil. El código de la máquina difiere según la máquina y la arquitectura. Las aplicaciones web, por otro lado, se supone que son muy portátiles.
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Tercero, no sería seguro. Los navegadores intentan proteger a sus usuarios permitiendo solo que las aplicaciones web ejecuten un conjunto limitado de funciones. Por ejemplo, no puede simplemente leer un archivo de la computadora de un usuario, a menos que lo cargue específicamente. Realmente, incluso las aplicaciones nativas no pueden ejecutar código máquina sin procesar sin algún nivel de indirección. El sistema operativo todavía está allí para imponer privilegios.
Eso supone que está utilizando el término Código de máquina de la misma manera que yo. Si simplemente quiere decir algún tipo de lenguaje de programación de propósito general, entonces sí puede, puede ejecutar JavaScript.