Creo que la respuesta dependerá en gran medida del marco que esté utilizando. ExtJs y EmberJS tienen objetos de modelo formales que permitirán un conjunto de características si asigna sus datos a ellos, como la validación y las propiedades complejas que se ejecutan como funciones. Con angularjs, nunca he usado modelos formales ni es algo que sea realmente estándar, pero puede manipular los datos en sus servicios angulares de manera similar.
No me preocuparía por las implicaciones de rendimiento a menos que tenga razones para creer que es lento. Sus cuellos de botella reales generalmente son con la representación DOM y el rendimiento de la red que hacen que la manipulación de datos sea insignificante en el caso típico, pero debería ser algo muy fácil proporcionar métricas y he visto que se convierte en un problema con más de 1000 conjuntos de datos de elementos.
Estoy sesgado hacia angularjs en estos días y me gusta específicamente porque no requiere modelos formalmente definidos. Creo que cambiar la estructura de datos puede facilitar ciertas cosas en la interfaz de usuario, pero agrega otra capa de complejidad que debe mantenerse y puede ocultar otras fuentes de errores para obtener beneficios que encuentro más simples cuando se logran a través de otros patrones. Dicho esto, combina estrechamente sus puntos de vista con el formato JSON de su servicio, lo que podría ser un problema si se trata de fuentes de datos dispares que contienen el mismo contenido, pero en diferentes formatos.
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Entonces, para resumir, mi respuesta general es no a la manipulación de datos en el caso general, incluso cuando los datos se ven feos, pero sí, si eso significa que no tiene que repetir el mismo código en varios otros lugares para representar vistas diferentes, pero lo haría cambiar mi respuesta si me vi obligado a usar un marco con una estructura de modelo formal.