Sugeriría que el mejor software es un editor de texto sin formato.
Si bien las herramientas como Mendeley o Zotero pueden ser convenientes, estas herramientas también tienen formato patentado. Esto significa que necesita ese software específico para acceder a la información. Además, está en deuda con el productor de ese software para la corrección de errores, características y, lo más importante, para curar sus datos a medida que el esquema cambia durante las actualizaciones más importantes.
Por otro lado, el texto plano es simplemente texto. Cada sistema operativo incluye un editor de texto que hace que el acceso sea prácticamente universal. Además, el texto sin formato no depende del formato que pueda degradarse, corromperse o que esté vinculado a una función de software.
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Si tuviera que usar una herramienta, me quedaría con bibtex para el formato; formato estándar, de texto bastante simple, abierto, y no está casado con una herramienta de software específica. JabRef es un ejemplo de un simple organizador de referencia bibtex.
