Aunque Parse es una solución completa de back-end, el servicio en sí está construido lo suficientemente modular como para que pueda usarlo por partes o como un reemplazo completo para el Back-end de su pila.
En referencia a la pregunta principal, sí, es una buena práctica crear una API para sus servicios que haga todo el trabajo pesado en el procesamiento de datos. La razón es simplemente que cuanto más pueda manejar una API, menos código tendrá que escribirse para cada una de las aplicaciones móviles individuales.
La advertencia a una respuesta general es la escalabilidad. Mientras más procesamiento de back-end sea manejado por su servidor, más gravado será el servidor y se utilizarán más recursos para manejar su base de usuarios.
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Parse se escalará automáticamente a un costo, pero hay otras soluciones como Heroku para un desarrollador más inteligente que puede dividir las responsabilidades entre ‘dynos’ (Heroku habla por: lugar para ejecutar una aplicación).
Si comienzas desde la web, comenzaría sin Parse. Si planeas comenzar a través de una aplicación móvil y construir desde allí, creo que analizar es una opción más razonable.
